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2023-03-17 250 编程语言
Primer5入门级引物设计攻略
来源：互联网
2023-03-17 00:28:00 425
Primer5是分子生物学常用的引物设计软件，准确率高，操作性强，下面小编就如何利用Primer5进行引物设计分享自己的心得，本篇较简单，适合初学者。
工具/原料
- Primer5，引物设计
方法/步骤
获取引物模板
引物与模板一一对应，设计引物之前先要找到一段匹配的模板。
以H9禽流感病毒HA基因为例，在NCBI上下载一个最新的病毒HA基因作为本经验所介绍的引物设计的模板。关于如何在NCBI上下载基因请参考小编的另一篇百度经验“怎样使用NCBI搜索并下载基因序列”。
新建
打开Primer5（小编的版本为英文版），依次点击“file”——“new”——“DNA Sequence”，新建操作界面。
输入模板基因
复制基因模板后，使用键盘快捷键“Ctrl V”将下载的引物模板粘贴到空白框内，然后选择“As is”，点击“OK”。
Search Primer
找到界面左上角“Function”——“Primer”，在新跳出的界面上点击“Search”，需要设置相应的条件，才能开始搜索。
条件设置
点击“Search”后，又跳出一个界面，我们从上到下依次设置：“Search For”选择“PCR Primers”；“Search Type”选择“Pairs”；“Search Ranges”要根据不同的情况而定，一般来说选择基因全长，如“1”——“1683”；“PCR Product Size”一般鉴定选择300-500，测序选择1200-1600，不能超过基因全长；“Primer Length”一般为20 (-)2。
点击两次“OK”
条件设置完毕后，点击“OK”，跳出新的界面后再点击“OK”，最后跳出软件为你选择的按照合成率从高到底的全部引物序列。
引物选择
将引物表与左侧表格结合起来进行引物的选择。从小编设计的引物表中看到，最高合成率为88，其对应的左侧表中均出现“Dimer”和“Cross Dimer”，说明此引物不甚理想。最佳的情况为“Hairpin”、“Dimer”、“False Priming”和“Cross Dimer”都不出现，也就是100合成率。
重新设置条件
如何引物不甚理想，那么就需要重新设置引物的各个条件，尤其是“Search Ranges”的选择，需要我们再次点击“Search ”，跳出条件设置界面后重新设置。
选择理想引物
经过多次的不断更改和设置后，最终选出较为理想的一对引物，合成率最好在98以上，四种状况均不出现为好。
注意事项
- 引物设计需要考虑很多方面，比如模板的信息、引物的类型、退火温度、GC含量等等，需要不断的摸索并总结经验，才能快速设计出理想的引物。
- 觉得实用投个票吧，绝对原创，请勿随意转载！
以上方法由办公区教程网编辑摘抄自百度经验可供大家参考！
标签： 编程语言
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